一、乩壇降筆：1668 與 1692
現存最早的刻本，是乾隆四十年（1775）邵志琳增輯的《呂祖全書》卷四十九。卷端題「先天虛無太乙金華宗旨」，下署「錢塘邵志琳純一增輯」「武林王世陛雲軒重鐫」。卷前有十四篇序；書影上讀得到的署名，多數是「康熙壬申」（1692），莊惺菴的序署「康熙癸酉」（1693），顧旦初的序署「康熙乙亥」（1695）。
這些序自己交代了來歷。署名呂洞賓的自序說「白龍精舍傳示七人」，潘易菴的序說：
憶自戊申冬我純陽聖祖傳示宗旨同盟七人（潘易菴〈宗旨原序〉，《呂祖全書》卷四十九，1775 年刊本書影）
戊申是康熙七年（1668）。莊惺菴的序提到「周埜鶴乩壇崇純陽聖祖」。據 Esposito（1998）的整理：1668 年，毗陵（今江蘇常州）七名淨明派弟子在白龍精舍、周埜鶴的私人乩壇，接受託名呂洞賓的降筆；第一代弟子過世後，1692 年再由屠宇菴（法名乾元）帶著第二代弟子整理成書。屠宇菴的題署是「康熙壬申仲冬淨明嗣派弟子屠乾元敬題」。
正文的口吻也像降壇。維基文庫錄文第一章：「我今叨為度師，先以太乙金華宗旨發明，然後細為開說」，是師尊對弟子說話。
後出的版本又給了不同的說法。龍門派閔一得的本子說，此書 1688 年在金蓋山降授給七名龍門弟子；1921 年北京本的編者說，1907 年呂祖在友人的乩壇降臨，告訴他此書 1403 年開始成形、1663 年完成。Esposito 認為前者是龍門派為建立正統所做的改寫，後者沒有根據。
序跋裡的「降授」，說明信眾怎麼看這本書，本站只當史料，不當作事實。
二、六個版本，門派各改各的
Esposito 比對出六個中文版本，都是十三章：
- 1775邵志琳增輯《呂祖全書》卷四十九《先天虛無太乙金華宗旨》現存最早的刻本，卷前十四篇序
- 1803蔣元庭《全書正宗》卷二《孚佑上帝天仙金華宗旨》天仙派；刪去淨明弟子的序，附《金華闡幽問答》
- 約 1796–1820《道藏輯要》本《金華宗旨》與蔣元庭本同一系統；今通行 1906 年成都二仙庵重刊本
- 1831閔一得《古書隱樓藏書》本龍門派本；刪去他本的序，第一章大不相同
- 1852《呂祖全書宗正》卷十九篇序；正文與蔣元庭本只有細小異文
- 1921湛然慧真子《長生術・續命方》合刊本衛禮賢所據的北京印本系統；印行年份 1920 或 1921，未確認
書名就不一樣：1775 年本作「先天虛無太乙金華宗旨」，《道藏輯要》本只作「金華宗旨」。序也被換掉：《道藏輯要》本刪去那批淨明派弟子署名的序，只留下諸位仙真的話，合成一篇〈弁言〉。龍門派閔一得的本子刪去他本所有的序，第一章的內容大不相同，還在各章加上龍門傳承的短注。
章名也有異文。第九章在維基文庫錄文作「百日築基」（錄文又誤作「百曰」），《道藏輯要》本的目錄與正文章題都作「百日立基」。哪一個是較早的寫法，要看 1775 年本第九章的書影，目前未確認。
據 Esposito 引邵志琳的序，屠宇菴原本把書分成二十章，邵志琳改編為十三章。二十章的本子今天還在不在，未確認。
三、衛禮賢只譯了八章
1929 年，德國漢學家衛禮賢（Richard Wilhelm）把這本書譯成德文，和心理學家榮格（C. G. Jung）的評述合刊，書名 Das Geheimnis der Goldenen Blüte。1931 年，Cary F. Baynes 再從德文轉譯成英文 The Secret of the Golden Flower。
衛禮賢只譯了前八章，到〈逍遙訣〉為止；他用的底本是十三章。底本來自北京的一部印本：衛禮賢說它在 1920 年重印，Esposito 寫 1921 年，目前兩說並存。據衛禮賢自己的說明，這部印本的編者在北京琉璃廠買到一部十七世紀的殘本，再據友人的藏本補足。
衛禮賢把這本書的口傳源頭推到唐代呂洞賓的「金丹教」，這一點沒有書證。他也知道流通這本書的人用扶乩求得一篇呂祖序，卻沒有把正文本身當成乩壇的產物。
榮格的評述，大致是把書中的「光」「中心」「迴旋」讀成無意識與自性化的象徵，是為西方心理學而寫。德文初版是評述在前、譯文在後，英文版依榮格的要求改成譯文在前。
四、後來的批評
1991 年，Thomas Cleary 根據十三章的中文本重新英譯。據英文維基百科的轉述，他批評榮格讀到的是殘缺底本的錯亂譯本，並認為衛禮賢把第一章「乃至虛至靈之神所住」譯得近似上帝，使榮格把不屬於心理學的段落當心理學讀。Cleary 的原書本站沒有讀到，這段轉述未確認。
其他回應也都還是二手轉述：Caifang Jeremy Zhu（2009）從內丹學的角度回應榮格；J. J. Clarke 討論榮格與東方思想，據說不同意 Cleary 對衛禮賢的全面否定。這些論點本站都還沒讀到原文，未確認。
也別忘了中國這一邊：龍門派閔一得把此書改寫成自家核心經典，同樣是一種「接受」。所以西方的誤差至少有三層：只譯了八章、底本本身是晚出的乩壇本、榮格的心理學框架。三層要分開看，不能一句「榮格誤讀」帶過。
對讀
散亂與心智遊移、昏沉與低警覺
現代研究
小樣本：12 人在作業中自覺分心時按鈕；分心時 θ、δ 波增加，α、β 波減少，對聲音的早期反應下降。作者解讀為警覺度與感覺處理下降。
Braboszcz & Delorme（2011）〈Lost in thoughts〉，NeuroImage doi:10.1016/j.neuroimage.2010.10.008
證據等級：單一研究
無法對應「散亂」接近心智遊移，「昏沉」接近低警覺，但這項研究顯示兩者常常一起出現，未必分得乾淨。書中用魂魄陰陽解釋（昏沉是「魄用事」，散亂「尚有魂在」），和腦網絡模型不能互換。現代研究把心智遊移看成有利有弊的正常現象，書中一律當成病痛。
察覺是轉折點
現代研究
小樣本：14 人在 fMRI 中發現分心就按鈕，研究者把過程分成遊移、察覺、轉回、持續四段；察覺這一段對應「顯著網絡」。
Hasenkamp et al.（2012）〈Mind wandering and attention during focused meditation〉，NeuroImage doi:10.1016/j.neuroimage.2011.07.008
證據等級：單一研究
無法對應兩邊都把「察覺」獨立成一步，結構相似。但樣本很小，腦影像研究普遍定義不一（Van Dam et al. 2018 評論）。這不表示書中的方法能改善專注；本站不做這種推論。
知與不知
現代研究
fMRI 中隨機詢問受試者，沒有察覺自己在分心時，預設網絡與執行網絡的活動最強。
Christoff et al.（2009）〈Experience sampling during fMRI reveals default network and executive system contributions to mind wandering〉，PNAS doi:10.1073/pnas.0900234106
證據等級：單一研究
無法對應書中把有沒有察覺當成分界，和研究的發現結構相近。錄文「幹裏」疑為「千里」之誤。「神」「魂魄」是否存在，不是科學能回答的問題。
對讀只用第四章談「昏沉」「散亂」的概念句；同章談怎麼對治的句子，本站不引（D06）。現代研究的對象多是佛教來源的冥想與正念，沒有一篇研究這本書本身；這裡是並排，不是印證。
本站觀點
本站觀點
「呂洞賓所傳的唐代古書」站不住；它是清初乩壇文本，在 1668 到 1921 年間被不同團體反覆改寫。
現存最早的刻本在 1775 年，序文自己記載 1668 年的乩壇降筆、1692 年的整理。唐代源頭說只見於龍門派本和衛禮賢的轉述，沒有唐宋文獻佐證。正文大量援引《楞嚴經》、八識，又有「故蒙淨明許祖，垂慈普度，特立教外別傳之旨」這樣的傳承語，屬於明清三教合一的語彙。
什麼證據會讓我們改變看法：找到 1668 年以前、能獨立定年、而且含有十三章主體文字的抄本或刻本。
本站觀點
沒有哪個版本可以叫「原本」。
Esposito 比對六個版本，結論是此書出自多個地方乩壇和教派；龍門本自稱正統，內部卻不一致。各本的序從一篇到十四篇不等，第一章在龍門本完全不同。最早的刻本可以排出來（1775），但最早的刻本不等於原本。
什麼證據會讓我們改變看法：找到屠宇菴的二十章本，或 1692 年以前的稿本，並證明後來各本都由它派生。
本站觀點
衛禮賢誇大了它的古老；榮格的評述是他自己理論的展示，當史料很有價值，當導讀會誤導。
衛禮賢自己記載底本是晚出、經人補足的殘本，他只譯前八章，卻把源頭推到唐代。公平地說，他寫作時 Esposito、森由利亞的版本研究還不存在。榮格的評述，可以看成「二十世紀歐洲心理學怎麼接受東方文本」的史料。
什麼證據會讓我們改變看法：讀完 Cleary 原書和 Zhu（2009）全文後，如果發現他們對衛禮賢譯文的批評本身不成立，後半的判斷要調整。
本站觀點
用神經科學包裝這本書，和榮格用無意識包裝它，是同一種誇大。
「元神」在文本中是超越生死的實體，「金華」同時是象徵、金丹與真氣，都不能等同於可以測量的心理功能或視覺經驗。冥想科學本身也有樣本小、定義不一、媒體誇大的問題。「對讀」能做的是並排，讓兩邊互相照出盲點，不能做翻譯，好像古籍早就在講神經科學。書中對分心與昏沉的觀察相當細，但那是內省觀察準確，不是理論正確，也不表示書中的方法有任何效果。
什麼證據會讓我們改變看法：這是方法上的立場，單一研究推翻不了。若有人提出一套方法，能把元神、真氣轉成可以測量的概念、又不改變原意，我們願意重新評估。
尚待查證
- 1775 年本第九章的書影：「百日築基」和「百日立基」哪一個較早。
- 閔一得本、《道藏續編》本、湛然慧真子本的書影；湛然慧真子本印行於 1920 還是 1921 年。
- 屠宇菴的二十章本是否還存在。
- Cleary（1991）、Zhu（2009）、Clarke（1994）的原文論點。
- 維基文庫錄文出自哪一個刻本。